先生を全面的に信用して、言われたままの治療を受けていいのでしょうか？
もっと良い治療法があるのではないかと考えてしまいます。

治療方法について不安を感じるようであれば、次に担当医と会った時に、よく話をしてみることが大切です。
たとえば、「この治療を勧めて頂いた理由を、もう一度確認させてください」、「治療の目的として期待できることは、どういうことでしょうか」、「これまでの治療の進み具合について、どんなふうに評価されていますか」といった点を、確認してみてはどうでしょうか。
忙しそうな医師の前では、質問するのに気おくれしてしまうかもしれませんが、治療に関して患者さんの質問に答えることは、医師の大切な仕事のひとつです。遠慮しないで、不明な点や疑問点については、きちんと確認するようにしましょう。
また、確認したいことを簡潔なメモにしておくこともおすすめします。聞きたいことを漏らさず聞けますし、医師に直接手渡してもよいでしょう。
いきなり担当医に質問するのは気おくれしたり、担当医とうまくコミュニケーションをとれていないように感じたりするのであれば、おかかりの病院の『相談支援センター』や『医療相談室』にいる相談員に相談してみるとよいでしょう。場合によっては、担当医とあなたとの間で、上手に橋渡しをしてもらえることもあるはずです。